Peroxid vodíka je nestabilný a ľahko sa rozkladá na kyslík a vodu, čo je z tohto bodu celkom bezpečné. Štúdie potvrdili, že zvyšky peroxidu vodíka vo výrobkoch nasiaknutých vodou sa počas namáčania postupne rozložia a miznú a následné spracovanie ich tiež rýchlo zničí.
V roku 2004 Expertný výbor Svetovej zdravotníckej organizácie (JECFA) zhodnotil, že rezíduá peroxidu vodíka v potravinách sú také nízke, že v čase, keď ich konzumenti zjedia, sa degraduje takmer do tej miery, že to nie je problém, takže nie je potrebné stanoviť „bezpečný príjem“.
US Food and Drug Administration tiež klasifikuje peroxid vodíka ako GRAS (tj primerane bezpečný) a vo všeobecnosti sa používa v množstve potrebnom na výrobu (tj neobmedzené použitie). Napríklad maximálne množstvo použité v údených modrých rybách a nakladaných vajciach je „na dosiahnutie oxidačných a antibakteriálnych účinkov“ a maximálne množstvo použité pri spracovaní dršťok je „na dosiahnutie bieliaceho účinku“. Okrem toho možno peroxid vodíka použiť aj na čistenie a dezinfekciu ovocia a zeleniny.
Lekársky peroxid vodíka s koncentráciou 3 percentá vo všeobecnosti nepredstavuje veľký problém, aj keď sa omylom užije. Ak sa však peroxid vodíka s koncentráciou 30 percent vypije priamo, môže popáliť tráviaci trakt. Je to však extrémne zriedkavé, pretože bežný človek sa s takou vysokou koncentráciou peroxidu vodíka nedostane do kontaktu.
Okrem toho sa peroxid vodíka môže rýchlo rozkladať v soliach ťažkých kovov, v alkalickom prostredí a pri prudkých nárazoch a dokonca spôsobiť výbuchy. Vo všeobecnosti k tomu dochádza počas výroby, skladovania a prepravy peroxidu vodíka a je nepravdepodobné, že by sa s tým spotrebitelia stretli.