Potravinársky peroxid vodíka je vysokoúčinný a širokospektrálny dezinfekčný prostriedok rádové dezinfekčné prostriedky. Pretože nezanechá škodlivé zvyšky po dezinfekcii a sterilizácii, stala sa bezpečnou, zelenou a zdravou potravinou.
Molekuly hydroxylu v potravinárskom peroxide vodíka a jeho derivátoch môžu priamo pôsobiť na vonkajšiu štrukturálnu membránu baktérií, zničiť bariéru priepustnosti baktérií a zničiť systém materiálovej bilancie vo vnútri a mimo baktérií a spôsobiť smrť. Molekuly voľného hydroxylu peroxidu vodíka môžu priamo reagovať s proteínmi a nukleovými kyselinami mikroorganizmov, čo spôsobuje, že ich štruktúra je zničená a vedie k smrti.
Štúdie tiež zistili, že produkty rozkladu peroxidu vodíka môžu inhibovať systém bakteriálnych enzýmov a reagovať s aminokyselinami v reťazci enzýmových bielkovín.